Bir element, bir atom tipinin tanımıdır, yani tek bir atom bir elementi temsil eder fakat bir elementin kendisini temsil etmez. "Bir atom" fiziksel bir varlığa atıfta bulunur; "bir öğe", bir atom türünü belirtir.
Atomlar, çekirdeklerinde içerdikleri proton sayısı ile tanımlanır. Hidrojen elementi, tek bir proton içeren atomları belirtirken helyum atomları iki içerir. Bir izotop, çekirdek içinde kaç tane nötron olduğu ve moleküllerin içerdiği atomlarla tanımlanmıştır. Örneğin su, bir oksijen atomu ve iki hidrojen atomu içerir, bu yüzden bilimsel adı dihidrojen monoksittir.
