Hücre, 1665'te Robert Hooke tarafından ince mantar dilimlerini mikroskopla incelediğinde keşfedildi. Gördüğü şey canlı hücreler değil, yaşayan hücre duvarlarıydı. Hooke'ın "hücreler" kelimesini gördüğü şey için kullandığı bildirildi, çünkü mantar ona manastır hücrelerini hatırlattı.
1674'te Antonie van Leeuwenhoek, mikroskop kullanarak sadece küçük bir damla su içinde bulunan bakteri, maya ve çeşitli organizmaları gören ilk kişiydi. Leeuwenhoek genellikle mikroskopinin babası olarak adlandırılır. Hooke ve Leeuwenhoek tarafından yapılan keşifler, bilimsel teoriyi canlılıktan hücre teorisine değiştirdi.
