Güneşin iç manyetik alanlarının güneş yüzeyine girip tekrar girmesinin etkileri güneş lekelerine yol açar. Tipik olarak manyetik alanların zıt yönlere işaret ettiği çiftler halinde oluşurlar.
Güneş lekesi etrafındaki manyetik alan, Dünya'nın manyetik alanından yaklaşık 2.500 kat daha güçlüdür. Güçlü manyetik alan, çevredeki atmosferik basınç azalırken mükemmel bir manyetik basınç yaratır. Umbra güneş lekesinin karanlık kısmıdır. Sıcaklığı 6.000 derece Fahrenheit iken güneşin etrafındaki yüzeyi 10.000 derece Fahrenheit'e ulaşır ve güneş lekesinin koyu rengiyle sonuçlanır. Güneş lekesi aktivitesi yüksek olduğunda ultraviyole ışınımı büyük ölçüde artar ve bu da Dünya'nın atmosferini etkiler.
Koronal fişekleri ve güneş kütlesi enjeksiyonları, güneş alanlarının yakınında, zıt yönlere bakan manyetik alanların alanları arasındaki ayrım çizgisinde meydana gelir. Güneş lekesi aktivitesi yüksek olduğunda, Dünya kuzey ve güney ışıklarında bir artış yaşar. Güneş patlamaları ve jeomanyetik fırtınalardaki bu artış, radyo yayınlarını ve Dünya'nın enerji şebekesini de etkileyebilir. NASA /Marshall Uzay Uçuş Merkezi, güneş döngüsü çizelgeleri oluşturarak güneş lekesi aktivitesi hakkında tahminlerde bulunur. 1645'ten 1715'e kadar güneş, Maunder Minimum olarak adlandırılan sıfıra yakın güneş lekeleri seviyesine geldi. Bu süre zarfında, “Küçük Buz Çağı” Dünya'nın bazı bölgelerinde meydana geldi.
