Gram negatif çubuklar veya basiller, Gram boyama ile negatif sonuç veren çubuk şeklindeki bakterilerdir. Bu bakteriler, iç ve dış hücre zarı arasına sıkıştırılmış ince bir peptidoglikan katmana sahiptir. Bu tabaka, bakteri hücreleri bir alkol çözeltisi ile yıkandığında uzaklaştırılır, böylece ilk uygulanan kristal menekşe lekesini tutmazlar. Bunun yerine, hücreler safranin veya fuchsine karşı perdesiyle kırmızı veya pembe olur.
Buna karşılık, gram-pozitif bakteriler kalın bir peptidoglikan katmana sahiptir ve kristal alkol lekesini, hatta bir alkol çözeltisi ile yıkadıktan sonra bile muhafaza eder. Bazı gram-negatif çubuk örnekleri Salmonella, Escherichia, Pseudomonas, Vibrio, Campylobacter ve Shigella türleridir. Bu tip bakterilerin pnömoniye, idrar yolundaki enfeksiyonlara, gastrointestinal sisteme, kan dolaşımına ve vücudun diğer kısımlarına neden olduğu bilinmektedir. Escherichia coli yaygın olarak insanların gastrointestinal kanallarında bulunur ve idrar yolu ve gastrointestinal sistem enfeksiyonlarına neden olur. Salmonelloz, Salmonella bakterilerinin neden olduğu ishaldir. Bu bakterilerin ortak kaynakları yumurta, süt ve kümes hayvanları ürünleridir. Ancak belirli bir tür olan Salmonella typhi, ishale değil, enterik ateşe neden olur. Zatürree insidansı konusunda artan bir endişe yaratan gram negatif basil Klebsiella pnömonisidir. Bu bakterilerin neredeyse tüm modern antibiyotiklere direnci nedeniyle, kontrol altına alınması daha zor ve dünyaya yayılıyor.
