Moleküler bileşikler tarafından paylaşılan bir özellik, en az iki farklı molekülten oluşmalarıdır. Örneğin, aynı eleman başka bir atomla birleşirse, moleküler bir bileşik değil, o elemanın bir molekülüdür.
Moleküler bileşikler tarafından paylaşılan bir başka özellik, elektronların bileşiği oluşturan elementler arasındaki dağılımıdır. Bu, moleküler bir bileşiği sınıflandırmak için gerekli fakat yetersiz bir durumdur; Aynı elemanlar birbirine benzer şekilde bağlanabilir ancak moleküler hidrojen durumunda olduğu gibi birbirinden farklı olmadığından bileşik olarak sayılmaz.
