Embriyonik kök hücreler, in vitro fertilizasyon için oluşturulmuş embriyolardan gelir. Prosedür için, doktorlar blastosist aşamasında döllenmeden 4 veya 5 gün sonra gelişimlerini durdurarak, birçok döllenmiş embriyo oluşturur. Döllenmeden sonra, aileler bu ekstra embriyoları kök hücre toplaması için bağışlayabilirler. Farklılaşmamış kök hücreler toplandıkça işlem blastosistleri yok eder. Bunlar sadece atılacak olan embriyolardan toplanır.
Embriyonik kök hücrelerin kullanılması konusundaki tartışmalar bazı ülkelerin tıp ve bilim alanındaki kullanımlarını kısıtlayan veya kısıtlayan yasalar çıkarmasına neden olmuştur. Bu sorunu önlemek için, bilim adamları farklı hücrelerin farklılaşmamış kök hücreler gibi davranmalarını teşvik etme teknikleri geliştirdiler. Bu uyarılmış pluripotent kök hücreler, gerçek embriyonik kök hücreler kadar çok yönlü değildir, ancak başka avantajlar da sunarlar. Örneğin, kök hücreler, bu yöntem kullanılarak doğrudan bir hastadan toplanabilir; bu, hiçbir donör materyali gerektirmez.
Embriyonik kök hücreler, vücudun ihtiyaç duyduğu herhangi bir hücreye dönüşebilmeleri nedeniyle önemli tıbbi potansiyel sunar. Kök hücreler hasar görmüş organları değiştirme, diyabet hastaları için pankreas içinde yeni adacıklar oluşturma veya lösemiyi tedavi etmek için yeni kemik iliği hücreleri oluşturma potansiyeli olduğunu göstermiştir. Ayrıca, vücudun normalde onaramayacağı sinirleri yeniden üretebilirler.