Elektroforez önemlidir çünkü DNA, RNA ve proteinler gibi makromolekülleri ayırmak için kullanılır. Poliakrilamitten yapılan jeller tipik olarak farklı boyutlarına göre DNA ve proteinleri ayırmak için kullanılır. Proteinler ayrıca farklı ücretlerine göre ayrılır.
Aynı zamanda jel elektroforezi olarak da bilinen elektroforez, DNA moleküllerini ayırmak için kullanıldığında, moleküllerin bir çözeltisi bir jelin içine yerleştirilir. Negatif yüklü DNA molekülleri, bir elektrik alan tarafından jel içinden çekilir. Küçük olan DNA molekülleri, jel içinde büyük DNA moleküllerinden daha hızlı hareket eder. Moleküllerin jel boyunca hareketi bir dizi bant oluşturur. Her bir bant, belirli bir boyuta sahip olan DNA moleküllerine ayrılır. Jelin başlangıcından en uzağa yerleştirilen bantlar, DNA'nın en küçük parçalarını içerirken, jelin başlangıcına en yakın olanlar en büyük DNA parçalarını içerir.
Elektroforez, adli amaçlar için bir DNA parmak izi elde etmek, babalık testi, PCR reaksiyonlarını kontrol etmek ve organizmalar arasında evrimsel ilişkileri aramak için DNA fragmanlarını ayırmak için kullanılır. İşlem ayrıca belirli bir hastalıkla ilişkili genleri test etmek ve bulmak ve genetik madde örnekleri arasında ayrım yapmak için kullanılır.
