Düşük yağlı diyetlerin bazı olumsuz yönleri, zararlı gıdaların tüketiminin teşvik edilmesini, trigliseritlerin yükseltilmesini, sağlıklı yiyeceklerin önlenmesini ve HDL'nin düşürülmesini veya "iyi" kolesterolü içerir. Ayrıca, düşük yağlı diyetler testosteron seviyelerini düşürebilir ve kalp hastalıklarına neden olabilir.
Her ne kadar üreticilerin aklında en iyi niyetleri olsa da, kaldırılmış yağ içeren ürünlerin bu kadar lezzetli olmadığını inkar etmek mümkün değil. Bunu telafi etmek için, üreticiler sıklıkla bu "az yağlı" yiyecekleri şekerle paketlerler. Bunun sonucu, "az yağlı" olarak etiketlenen yiyeceklerin zararlı miktarda şeker içerebilmesidir. Düşük yağlı diyetler aynı zamanda tam buğday ve bitkisel yağ tüketimini de arttırır. Buğday glüteni içeren bazı buğdaylar bazı insanlarda olumsuz bir reaksiyona neden olurken bitkisel yağlar uzun dönemde iltihaplanma ve kalp hastalıklarıyla ilişkilendirilir.
Yüksek trigliserit seviyeleri kalp hastalığına da yol açabilir. Genellikle karbonhidratlar yüksek olan düşük yağlı diyetler genellikle bir kişinin trigliserit seviyesini yükseltir. Düşük yağlı diyetler zararlı gıdalar içerebildiği için, hepsi mükemmel vitamin ve mineral kaynakları olan yumurta, et ve süt ürünleri gibi sağlıklı yiyeceklerden kaçınılmasını da sağlayabilir. HDL veya "iyi" kolesterol açısından, yağ yemek aslında bu seviyeleri artırabilirken, çalışmalar düşük yağlı bir diyetin onları azalttığını göstermiştir.
