Doğal bir ekosistem, insan etkisi olmadan gerçekleşeceği gibi oluşan bir ekosistemdir. “Ekosistem” terimi, aynı bölgede yaşayan tüm bitkileri, hayvanları, mantarları, protozoaları, bakterileri ve diğer organizmaları ifade eder. Bu farklı türlerin tümü birbiriyle bağlantılı yaşamları paylaşır ve birçok yönden bir birim olarak işlev görür.
Doğal ekosistem örnekleri arasında bakir yağmur ormanları, çöller ve bereketli ova olarak da bilinen okyanus tabanı bulunur. Bu ekosistemler, insanın elinden büyük ölçüde kaçınarak, tarihsel olarak doğal hallerinde kalmalarına izin vermiştir. Bununla birlikte, tüm ekosistemlerde olduğu gibi, bu bozulmamış habitatlar, insanların yaşadığı yerlere bakılmaksızın zamanla gelişir ve değişir.
Birçok habitat doğal olarak doğaldır, ancak bazı insan parmak izleri vardır. Örneğin, doğu Amerika Birleşik Devletleri'ndeki uzak ormanlar yaklaşık 100 ila 200 yıl önce günlüğe kaydedilmiştir, ancak büyük ölçüde ilkel ve el değmemiş biçimlerine geri dönmektedirler. Ortabatının birçok otlak habitatı benzer yıkım ve yenilenme geçirmiştir.
Çöplükler veya banliyö alanları gibi bazı habitatlar, doğal bir habitatın karşıtıdır. İnsanlar tarafından dokunulmak yerine, bu tür habitatlar ancak insanlar onları yarattığı için var olur. Yine de ekolojik bağlamda bakıldığında hala tekil birimler olarak işlev görürler.
