Deniz ortamlarındaki biyoçeşitliliğin kaybı, avcılık ve ticari balıkçılık gibi insan faaliyetleri, çevre sulara toksinlerin ve kimyasal maddelerin eklenmesi ve kıyı habitatlarının kaybı veya bozulması gibi birçok kaynağa atfedilir. Birçok faktör deniz biyolojik çeşitliliğinin kaybına katkıda bulunur, ancak insan faaliyetleri en kötü suçlular arasındadır. Örneğin ticari balıkçılık, besin zincirini bozan ve diğer besin organizmalarını geleneksel besin kaynaklarından mahrum bırakan kilit organizmaları çevreden uzaklaştırır.
Biyoçeşitlilik kaybı, kısa ve uzun vadeli olaylara bağlanır. Petrol sızıntıları, fırtınalar ve balık avlamanın tümü deniz ortamlarında karşılaşılan acil tehditlere örnektir. Akarsularda ve su yollarında biriken toksinler ve kimyasallar ile sulak alanların ve kıyı habitatlarının yapay yapılarla değiştirildiği kentsel alanların ve şehir merkezlerinin büyümesi ek faktörlerdir.
Birçok deniz türü yaşamlarını çok uzak mesafelerde geçirerek geçirir ve yumurtaların güçlü okyanus akıntılarına dağılması gibi geniş yayma yöntemlerini kullanarak ürerler. Dağılma yolları, sert çevre koşulları ve sonunda dağılıma bağımlı türlerin yaşamını tehlikeye sokan diğer faktörler tarafından kesilebilir. Besin ve kimyasal kirlilik de biyolojik çeşitlilik kaybının bir nedenidir. Sadece en sert türler, toksinlerin ve kimyasalların ekosistemlerine eklenmesinin neden olduğu değişen koşullara adapte olabilir, bu da en zayıf ve en savunmasız organizmaları giderir.
