Bir atomun çekirdeği veya yoğun merkezi, atomun çekirdeği olarak adlandırılır. Çekirdek, pozitif yükleri olan protonları ve hiçbir yükü olmayan ve nötr olan nötronları içerir. >
Bir atomun çekirdeğindeki her proton ve nötron, birbirleriyle yaklaşık olarak aynı kütleye sahiptir. Çekirdekteki proton sayısı, bir atomun ait olduğu elementi, nötronların sayısı ise izotopunu belirler. Atomlar ayrıca çekirdeğin dışına çıkan elektronları da içerir. Her ne kadar elektronlar protonlardan ve nötronlardan çok daha küçük kütlelere sahip olsalar da, her elektronun bir proton tarafından taşınan pozitif yük ile aynı büyüklükte negatif yükü vardır.