Boşaltım sistemi, metabolik işlemlerden biriken potansiyel olarak toksik maddeleri uzaklaştırır. İlgili diğer organlar arasında idrarı mesaneye taşıyan ve atıkları üretra yoluyla atılana kadar depolayan üreterler bulunur.
Memelilerde, idrar, azotlu atığı ya ürik asit veya insanlarda olduğu gibi toplamak için kullanılır. Üre suda çözünür bir kimyasaldır, bu nedenle vücut ondan kurtulmak için fazla suyu kolayca kullanabilir. Ürik asit ise suda çözünür değildir ve çok az suya sahip kuşlar gibi türler tarafından katı olarak atılır. Bu, aynı zamanda atılım için su kullanımının çok fazla israf olacağı kurak iklimlerde birçok tür tarafından kullanılır.
Böbrekler tarafından çok fazla miktarda su ve kimyasal madde alınır, ancak büyük bir kısmı kana geri döner. Böbrekler en azından vücuttaki sıvı dengesinin düzenlenmesi için gerekli olduğu gibi atıkları atmaları için gereklidir. Boşaltım sistemine dahil olan diğer organlar arasında bazı toksik ve atık maddeleri terleme yoluyla gideren karaciğer ve cilt bulunur.
