Böbrekler kanı iki aşamalı bir işlemle filtreler. Kan ilk olarak, fazla sıvı ve atık ürünlerin, tübül olarak bilinen ikinci filtrasyon alanına yönlendirildiği, glomerulus adlı bir filtreye girer. Tüp, ilk filtreden geçiren gerekli mineralleri çıkarır ve tekrar kan dolaşımına gönderir, son ürün ise tüpten idrar olarak çıkar.
Glomerulus ve tübül nefron adı verilen daha büyük bir filtrasyon ünitesinin iki kısmıdır. Nefron böbreğin çalışma birimidir. Her böbrek günde 120 ila 150 litre kanı süzen ve bir veya iki litre idrar yaratan milyonlarca nefron içerir. Glomerül, kırmızı kan hücreleri ve proteinler gibi daha büyük moleküllerin tübule girmesini önler, işlemin ikinci aşamasına sadece sıvı, atık ürünler ve daha küçük mineral molekülleri gönderir. İdrar böbrekleri terk ettiğinde, üreter adı verilen kas borusundan ve mesanenin dolana kadar depolandığı mesaneye geçer. Her saat, vücudun tüm kan arzı renal arterden aşağı iner ve böbreklerden yaklaşık 12 kez geçer. Böbrekler ayrıca kan basıncını kontrol etmeye ve kan dolaşımındaki tuz ve asit dengesini düzenlemeye yardımcı olur.