Dahili olarak, bitkiler patojenlere karşı savunmak için bağışıklık sistemlerine sahiptir ve birçoğu böcekler, solucanlar ve diğer böcekler gibi potansiyel avcılardan gelen saldırıları engellemek için kimyasallar üretir. Bazı bitkilerde dikenli çarklar vardır. ve sapları ve dalları boyunca iğneleri avlanmalarına karşı çekici (ve yenmez) yapmakta, diğerleri ise göze kesinlikle hoş gelen, ancak daha da önemlisi bitkilerin zehirli veya zehirli kimyasallara sahip oldukları yırtıcıları uyarmaktadır.
İnsanlar gibi, bitkiler de onları patojen saldırılarına karşı koruyan bağışıklık sistemlerine sahiptir. Tıpkı hormonlar ve kimyasalların insanları virüslere, bakterilere ve diğer hastalıklara karşı koruduğu gibi, bitkilerin bağışıklık sistemleri de hastalıklardan ve parazitlerden gelen saldırılarla mücadele eden kimyasallar ve besin maddeleri içerir. Birçok fabrika, savunma sistemlerini yaşamın en erken evrelerinde oluşturmak için ihtiyaç duydukları kimyasalları üretirken, diğerleri yabancı patojenlerle karşılaşmaları sonrasında bu ajanları üretmeye başlar.
Aktif bağışıklık sistemlerine ek olarak, bitkiler genellikle insan gözüyle kokusuz ve görünmez olan ancak uzaktan, kuşlar, böcekler ve böcekler tarafından görülebilen ve kokulan özel kimyasallar salgılar. Bazı bitkiler, avcıları uzak tutmak yerine, yaprak bitlerini, solucanları ve diğer organizmaları çeken tatlı ve şuruplu maddeler üretir; bu şuruplar bu organizmalar tarafından tüketilir ve sonunda onları öldüren toksinler içerir.
