Birincil boyama, Gram pozitif bakterileri saptamak için Gram boyamada kullanılır. Birincil leke kristal menekşe rengidir. Bir bakteri Gram negatif olduğunda, birincil lekeyi kaybeder ve safraninin ikincil lekesini alır.
Bakteri hücre zarının peptidoglikan tabakasının kalınlığındaki farklılıklar, Gram-pozitifin Gram-negatif bakterilerden ayırt edilmesini mümkün kılar. Gram-pozitif olan bakteriler daha kalın bir peptidoglikan katmana sahiptir ve kristal menekşe ana rengini koruyabilir.
Gram boyama, birincil boyamayı içeren, peptidoglikan tabakasını kurutmak için renk gideren ve bakteri tipini belirlemek için ikincil boyamayı içeren üç aşamalı bir işlemdir.
