Bakteriler, diğer organizmaları ve organik bileşikleri yutarak veya kendi yiyeceklerini üreterek enerji alırlar. Kendi yiyeceklerini üreten bakterilere ototroflar denir. Enerji için diğer organik molekülleri tüketmesi gereken bakterilere heterotroflar denir.
İki genel heterotrof türü vardır. Bazı heterotroflar diğer tüm organizmalarını diğer organizmaları eritip emerek veya yutarak sağlarlar ve bunlara kemotrofik heterotroflar denir. Buna karşılık, bazı bakteriler güneş ışığından yararlanarak kendi enerjilerinin bir kısmını üretir, ancak organik molekülleri emerek enerji ihtiyaçlarının dengesini oluşturur.
Ototrophlar ayrıca iki ana türde de oluşur. Sülfit gibi inorganik molekülleri emen ve onları enerjiye dönüştüren kemotrofik ototroflar ve güneş ışığını emerek kendi enerjilerini üreten fototrofik ototroflar vardır. Genel olarak, bakteriler enerjilerini çeşitli şekillerde elde ederler ve bu da bazı bakteri türlerinin hemen hemen her yerde yaşamasını sağlar.
Farklı şekillerde enerji alan bu dört bakteri grubunun yanı sıra, bakteriler de farklı şekillerde solunum yapar. Birçok organizma aerobiktir ve tıpkı hayvanların yaptığı gibi oksijene güvenir. Diğer bakteriler anaerobiktir, yani oksijensiz bir ortamda yaşarlar. Yine başka bakteriler, oksijen bakımından zengin veya oksijen tüketen ortamlarda yaşayabilir. Bu esnek bakterilere fakültatif anaeroblar denir.
