Bir atomun sahip olduğu proton sayısı, hangi element olduğuna bağlıdır. Örneğin bir hidrojen atomu sadece bir protona sahiptir. Bir azot atomu 7 protona, bir antimon atomunun 51 protona ve bir radyum atomunun 88 protona sahiptir.
Protonlar ayrıca atom sayısını belirler. Bu nedenle, bir hidrojen atom numarası 1 olan, azot atom sayısı 7 olan.
Protonlar atomun çekirdeğinde bulunur. Olumlu bir yükleri var. Normal olarak, bir atomda protonlarla aynı sayıda elektron vardır. Elektronların negatif yükü olduğu için normal bir atomun yükü yoktur.