Asit yağmuru ekosistemi tehdit eder ve zarar verir. Ağaçların büyümesini engelleyebilir, suyun asitliğini değiştirebilir ve topraktan salınan toksik maddelerin, birçok su hayvanına ve canlılara zarar vermesine neden olabilir. Ayrıca malzemeleri zayıflatır ve beton yapıların doğal erozyonunu hızlandırır.
Asit yağmuru, bataklıklar, nehirler, göller ve akarsular gibi su ortamlarında daha belirgindir. Yüzey sularının çoğu, 6 ila 8 arasında bir pH seviyesine sahiptir; Asit yağmuru doğrudan suya düştüğünde veya karadan akıp akarsulara ulaştığında, suyun asitliği artar. Düşük pH seviyesine sahip bir su kütlesi yeni bir yaşam sürdüremez. Kırılgan ekosistemleri ile bataklıklar en çok balık türlerinin kaybına maruz kalabilir, çünkü bu ekosistemlerdeki hayvanlar birbirlerinin gelişmesine bağlıdır.
Asit yağmuru bitkilerin ve ağaçların sağlıklı büyümesini de önler. Asit yağmuru yaprakların üzerine düştüğünde, yaprakların koruyucu kaplamalarını temizler ve doğru şekilde fotosentez yapmalarını önler. Asidik yağmur yere düştüğü için, alüminyum gibi zararlı maddeleri toprağa akıtır ve daha sonra akarsu ve göllere doğru yolunu bulur. Asit yağmuru ayrıca bitkide ve ağaç büyümesini desteklemeye yardımcı olan topraktaki besinleri ve mineralleri de çözer.
