Üç ana Archabacbacteria grubu vardır: Crenarchaeota, Euryarchaeota ve Korarchaeota. Crenarchaeota aşırı derecede ısıya dayanıklıdır ve Euryarchaeota oksijensiz veya tuzlu ortamlarda hayatta kalır. Korarchaeota, gruplar arasında en az anlaşılmış olanıdır.
Arkeobakterilerin çoğu diğer birçok yaşam için uygun olmayan habitatlarda gelişen ekstremofillerdir. Crenarchaeota, çoğu kükürt ve yüksek asitliğe de dayanan termofillerdir. Bu organizmalar volkanik habitatlarda ve kaplıcalarda yaşarlar. Ortamlarının pH'ı 5 ile 1 arasındadır ve 230 derece Fahrenheit'in üzerindeki sıcaklıklara dayanır.
Euryarchaeota, halofiller, tuz gölleri gibi ortamlarda gelişen organizmaları içerir. Bu grup ayrıca sulak alanlar ve hatta diğer hayvanların bağırsakları gibi anaerobik koşullarda yaşayan metanojenleri de içerir. Metan gazı, metanojen metabolizmasının ürünüdür.
Crenarchaeota gibi, Korarchaeota da sıcak su kaynakları gibi yüksek sıcaklık ortamlarında yaşar. Bu organizmalar ilkeldir ve doğada en az kullanılan arkeobakterilerden bazılarıdır.
Archaebacteria ve Eubacteria veya gerçek bakteriler, ortak bir atayı paylaşır ve Archaeabacteria, gerçek öbeker yaşamın yanı sıra gerçek bakterilere benzer. Araştırmalar, eurkaryotların evrimsel olarak Archaeabacteria'dan yükseldiğini ortaya koymaktadır. Ayrıca, ökaryotların ve Crenarchaeota'nın, Archaeabacteria gruplarının birbirleriyle olan farklı gruplarından daha yaygın olduğu varsayılmaktadır.
