Antijen örnekleri arasında bakteri, virüs, mantar, nakledilen organlardan yabancı kan hücreleri ve toz, arı sokması, polen ve hayvan kepekleri gibi genel alerjenler bulunur. Antijenler tipik olarak büyük protein molekülleridir ancak aynı zamanda toksinler ve kimyasallar gibi inorganik maddeler içerir. Otoantijen denilen bir antijen sınıfı, lupus gibi otoimmün bir hastalığı olan hastalar dışında, tipik olarak bağışıklık sistemi tarafından saldırıya uğramayan proteinler veya protein kompleksleridir.
Antikorlar, Y şeklinin ucunda bulunan bağlanma bölgesinde bir antijene bağlanır. İnsan vücudunun binlerce antikoru vardır ve her biri bağlanma bölgesinde her bir antikorun belirli bir dizi yabancı antijenle bağlanmasına izin veren farklı bir formda olur. Her biri farklı bir amaç için beş ana antikor sınıflandırması vardır. En yaygın ve en küçüğü, kanda dolaşan ve hücre zarları boyunca hücrelere doğru hareket edebilen IgG sınıfıdır. IgG antikorları bakteri veya viral antijenlere bağlanır ve antijenleri öldüren diğer immün hücrelerin aktivasyonu ile sonuçlanır.