Yeşil kimyanın bir dezavantajı, eski bir üründen veya işlemden yenisine geçmenin zaman almasıdır. Yeni sürecin veya ürünün yeniden tasarlanması çoğu zaman zordur ve neyin daha güvenli olduğu konusunda birliğin eksikliği vardır.
Yeşil veya sürdürülebilir kimya ile ilgili diğer bir endişe alanı, tarımda kullanılan geleneksel pestisitlerin veya kimyasalların, bitkiler ve hayvanlar gibi doğal malzemelerden elde edilen pestisitler olan biopestisitlerle değiştirilmesidir. Bununla birlikte, süreç yavaştır, çünkü büyük ölçekte üretim maliyetleri yüksektir.
Yeşil kimya, tehlikeli maddelerin üretimini azaltan kimyasal ürünlerin ve işlemlerin tasarımını teşvik eder.
