Yerli mikroflora, başka bir canlı organizmada veya belirli bir ortamda yaşayan mikro organizma topluluğu olarak tanımlanır. Bu mikro organizmalar bakteri, yosun ve mantarları içerir.
Kan ve kas gibi sağlıklı hayvan dokuları normalde mikroorganizmalardan yoksundur, ancak sağlıklı vücut üzerinde ve içinde mikro organizmaların her zaman bulunduğu, cilt, mukus zarları ve bağırsak dahil her yerde bulunan birçok yer vardır yolu. Aynı zamanda "yerli mikrobiyota" olarak da adlandırılan bu normal flora, doğada genellikle patojen değildir ve çoğu durumda konakçıya yararlar sağlar. Çoğunlukla, ev sahibi ve onun bitki örtüsü arasındaki ilişki "karşılıklı" olarak tanımlanabilir. Ev sahibi bakterilere sürekli bir besin kaynağı sağlar ve çevreden korunma sağlarken, bakteri, ev sahibinin sindirim işlemlerine yardımcı olur ve ev sahibinin patojenik mikroplar tarafından enfekte olmasını önlemeye yardımcı olur.
Ortalama sağlıklı insan vücudunda yaşayan mikroplar çok sayıda hücreyi temsil eder. İnsan vücudu kabaca 10 trilyon hücreden oluşur, ancak Discover dergisine göre, vücudun ev sahipliği yaptığı bakteri hücrelerinin sayısı 100 trilyona veya on kat daha yakındır. Bununla birlikte, bakteriyel hücreler çok küçük olduğu için, tüm mikrobiyal popülasyonun sadece yarım galon sürahiyi doldurması gerekir.
