Vurgulayıcı mürekkebin ana bileşenleri su ve glikol çözücüdür. Mürekkebin yaklaşık yüzde 5'i flüoresan pigmenti veya boyadır. Bazı vurgulayıcılar ayrıca mantar ve bakteri üremesini önlemek için az miktarda biyosit içerir.
Sarı vurgu kalemlerinde kullanılan boyalar, piren esaslıdır. Mavi vurgulayıcılar trifenilmetan boya içerir. Piranin ile birleştirilmiş trifenilmetan boyası yeşil renkte vurgulayıcı mürekkep üretir. Pembe vurgulayıcılar rodamin içerir. Mor vurgulayıcılar trifenilmetan ile karıştırılmış rodamin ile yapılır. Kumarin ile birleştirilen Xanthene mor vurgulayıcı mürekkebi üretir.
Vurgulayıcı mürekkebin içindeki kimyasal moleküller ultraviyole ışığını emer. Bu, moleküllerin içindeki elektronları "heyecanlandırır" ve sonra ışığın biraz daha uzun bir dalga biçimini serbest bırakır. Işık ve kimyasalların bu etkileşimi, göz tarafından floresan olarak yorumlanır.
