Besleyici su kirliliği, yosun ve mikroskobik bitkilerin aşırı büyümesine neden olurken, sudaki toksik kirleticiler bitkileri stres altında bırakabilir veya hatta onları öldürebilir. Kirliliğin bitki yaşamı üzerinde olumlu veya olumsuz bir etkisi olup olmadığı ekosistemin dengesini altüst eder, çoğu zaman yıkıcı etkilere neden olur.
Besin kirliliği, çoğu zaman, tarım alanlarından kaynaklanan akışlar da dahil olmak üzere birçok insan faaliyetinden kaynaklanmaktadır. Yağmur bitki ve hayvan atıklarına uygulanan gübrelerden fosfor ve azotu çözer. Besin maddelerindeki artış, oksijen tükenmesinden dolayı suda ölü noktalara neden olan potansiyel bir alg çiçek açmasına neden olur.
Asit yağmuru, bitki yaşamını etkileyen diğer bir su kirliliği şeklidir. Asit yağmuru, atmosferdeki su, volkanlar ve otomobil motorlarından oluşan kükürt dioksit ve azot dioksit gibi kimyasalları çözdüğünde meydana gelir. Yağış yere düştüğü için su kaynaklarını kirletiyor. Suyun ve sonuçta toprağın pH'ını düşürür, bazı bitkilerin büyümesini engeller ve diğerlerini öldürür.
Fitotoksisite, çevrede toksinler biriktiğinde ve bitkinin kök sistemi bunları emdiğinde oluşur. Su sistemlerinde ve çevrede biriken kimyasallar kümülatif etkiye sahiptir. Balıkları ve hayvanları da etkileyen cıva, bitkiler üzerinde toksik bir etkiye sahiptir. Olgun bitkiler fitotoksisite nedeniyle solmaya ve ölmeye başlarken tohum büyümekte başarısız olur.
