Su kirliliği çevre üzerinde çok fazla etkiye sahipken, etkileri kirliliğin balıkları ve diğer su canlılarını öldürdüğü göllerde ve akarsularda en kolay şekilde görülür. 1960'larda ölü bir göl, ancak hayat doluydu. Sorun, gölde kirlilik nedeniyle bozulmaya neden olan yanlış bir yaşam şekliydi.
Toksik ağır metaller, gölleri ve nehirleri etkileyen bir tür kirliliktir. Genellikle, ağır metaller, bir zamanlar Büyük Göllerin çoğunu çevreleyen çelik fabrikaları gibi endüstriyel işlemlerden gelir. Bu malzemeler balık ve kabuklu deniz hayvanları için toksiktir, ancak karada yaşayan hayvanlar ve sudakiler de dahil olmak üzere besin zincirinin geri kalanını etkileme potansiyeline sahiptir.
Kanalizasyondaki bakteri ve diğer kirleticiler, suda yaşayan organizmaların yanı sıra, içenlerin sağlığını da etkiler. Temiz içme suyu birçok hayvan için bir sorundur.
Kirlilik olmadan, büyük doğal göller bitkiler için çok az besin içerir ve sıcaklıkları tüm yıl boyunca soğuk kalır. Topraktaki mineralleri yavaşça çözer ve besin zincirinde yeterli bitki ömrünü desteklemek için ihtiyaç duyulan bitki maddelerini bozar. Kirlilik, sudaki bitki besin maddelerini arttırırken, endüstriyel atık ısısını yükseltir. Yanlış tip bitki büyümesi arttıkça, oksijen arzı azalır. Bazı türler için koşulları iyileştirirken, kirlilik, çevrenin yanı sıra su kütlelerinin doğal dengesini ve güzelliğini de etkiler.
