Safranin, tekstil için bir boya olarak ve çeşitli bilimsel prosedürler için bir boya olarak kullanılır. Safranin içeren bilimsel prosedürler arasında Gram havşa, endospor havası, granül tespiti ve redoks endikasyonu bulunur.
Safranin ayrıca fenosafranin, bazik kırmızı 2 ve Safranin 0 olarak da adlandırılan, suda çözünür bir boyadır. Tüm hücre çekirdeğini kırmızıya boyanabilir. Safranin, temel olarak davranış ve görünüm bakımından aynı olan dimetil veya trimetil safranin olarak mevcuttur.
Safranin, Gram boyamada yaygın olarak kullanılır; bu, hücre duvarı bileşiminden dolayı Gram pozitif ve Gram negatif bakteri grupları arasında ayrım yapılmasına yardımcı olur. Her iki grup da önce suda çözünür kristal mor boya ile boyanır ve çözeltiye iyot eklenir. Daha sonra Gram-pozitif bakterilerin kristal-mor boyayı ve Gram-negatif bakterilerin kristal-mor boyayı atmasına neden olmasına neden olan etil alkol veya aseton eklenir. Daha sonra, Graran negatif bakterileri kırmızıya boyayan, bakteriler için bir havza olarak safranin ilave edilir. Gram pozitif bakteriler mor kalır.
Gram pozitif bakterilerin hücre duvarları, bakterilerin kristal menekşe lekesini tutmalarını sağlayan kalın bir peptidoglikan tabakası içerir. Gram-negatif bakteriler, ince peptidoglikan hücre duvarları nedeniyle, mor lekeden ziyade safranin lekesini korur.
