Nilüferler, tohumla ve rizom olarak adlandırılan yeraltı köklerinden geniş yayılan köklerden filizlenen yeni bitkilerle çoğalırlar. Yaprakları, erkek ve dişi üreme parçalarını çevreler. Yaprakları sadece üç gün boyunca gündüz açıktır.
İlk sabah yapraklar açıldı ve çiçekler fincanın ortasındaki sıvıyı ürettiler, daha sonra diğer çiçeklerden polen almaya hazırlar. Polenle kaplı böcekler, tatlı koku tarafından çekilir ve çiçeğe girdiklerinde sıvıya düşer. Sıvı, poleni vücutlarından ve leke olarak adlandırılan dişi çiçek parçalarına döker ve döllenmeye neden olur. Üç gün sonra, nilüferler stoklarını boğar böylece su altında kalırlar ve tohumlar bu süre zarfında olgunlaşır. Tohumlar birkaç hafta sonra su altında serbest bırakılır.
