Neptün temel olarak parlak mavidir ve ayrıca koyu mavi renkli alanlar içerir. Neptün'ün rengi, esas olarak atmosferindeki metan varlığından etkilenir. Neptün'de insansız Voyager 2 uzay aracı ve Neptün'ü Hubble Uzay Teleskobu'ndan gören gökbilimciler tarafından büyük oval şekilli koyu lekeler gibi görünen büyük fırtınalar da gözlendi.
Neptün'ün atmosferinde düzenli olarak değişen parlak sirrus benzeri bulutlar bulunur. Neptün'de ayrıca yay denilen toz topaklarından oluşan altı halka vardır. Neptün, Güneş'ten uzaklığı nedeniyle 2,8 milyar mil olan çok soğuk bir gezegendir.
