Hindistan mürekkebi, Kongo kırmızısı ve Eosin, Nigrosin yerine alternatif lekeler için alternatif boyalar olarak kullanılabilir. Hindistan mürekkebi iyi çalışır, ancak minik parçacıkları bakterileri tanımlayan Brownian hareketine neden olur biraz zor.
Negatif lekeler, negatif yüklü bakteriyel hücreleri lekelemez, ancak hücrelerin etrafındaki arka planı boyar. Mikroskop altında, hücreler koyu arka plana karşı renksiz anahatlar olarak görünür. Bu boyama yöntemi, alkol veya ısı ile sabitlenmemesi gereken numuneleri incelemek için kullanılır, böylece canlı bir hücrenin görülmesi mümkün olur.
Bazı bakteriler, yıkama ve ısıtmayla kolayca tahrip olan, kapsül adı verilen hücre dışı yapılara sahiptir. Örnek bakterilerin kapsüllerinin olup olmadığını belirlemek için, negatif leke kullanan hafif bir teknik kullanılır.
