California Üniversitesi Paleontoloji Müzesi'ne göre, mantarların dört ana sınıflandırması vardır: chytrids, ekmek kalıpları, mayalar ve keseler ve kulüp mantarları. Her sınıflandırma çoğunlukla cinsel üreme yöntemine göre farklılık gösterir, çünkü bütün mantar bölümleri spor üremesini biraz farklı bir şekilde kullanır.
Bu sınıflandırmaların resmi isimleri şunlardır: chytridiomycota (chytrids), zygomycota (ekmek kalıpları), ascomycota (mayalar) ve basidiomycota (kulüp mantarları). Ek olarak, bilimsel topluluk tarafından tanınmayan iki polifirik grup vardır. Bunlar deuteromikota (cinsel olarak üremeyen aseksüel mantarlar) ve likenlerdir (mantar ve alglerin simbiyotik toplulukları). Birlikte, bu gruplar mantarlar için resmi ve gayri resmi sınıflandırmalardır.
