Vakuoller, endositoz yoluyla enerji üreten malzemelere girmeyi sağlar. Lizozomlar ve vakuoller, bir ökaryotik hücre için sindirim sistemi oluşturmak üzere birlikte çalışırlar.
Nişasta, yağ ve glikojen gibi enerji üretiminde kullanılan madde, hücreye endositoz yoluyla girer. Vacuoles, bu sıkıştırma işlemi ile hücrenin dış zarından oluşur. Vakumun maddeyi sarması, bir endozom haline gelir. Kendi hücresel zarı ile çevrili olan endozomlar, lizozomlarla işlenmeye hazır olana kadar hücresel malzemeleri depolar.
Yapı Golgi gövdesi tarafından üretilirken, güçlü enzimler endoplazmik retikulum tarafından üretilir. Asit hidrolazlar olarak bilinen yaklaşık 50 farklı enzim, otofaji adı verilen bir işlemde proteinleri, genetik malzemeleri, polisakaritleri, lipidleri ve organelleri parçalamaktadır. Lizozomlar, endozoma bağlanır ve maddenin sindirildiği başka bir lizozom yaratır. Çevreleyen lizozomlar, hücrenin geri kalanını iç içeriklerinden korumak için bir hücre zarı tabakasıdır. Malzemeler yeterince sindirildiğinde lizozom membranından sitoplazmaya dağılırlar.
Tay-Sachs hastalığı gibi genetik koşullar, bu bertaraf sisteminin bozulmasına neden olabilir. Bir enzim eksikliğinden dolayı, sindirilmemiş makromoleküllerin birikmesi sinir sistemine ve diğer organlara zarar verir.
