Oral kalp kurdu tedavilerinin ortak yan etkileri arasında ishal, kusma ve kas koordinasyonu eksikliği bulunur. Topikal kalp kurdu tedavilerinin yan etkileri uygulama yerinde saç dökülmesi, ishal, kusma, titreme, nefes nefese ve saçmadır. Enjekte edilebilir kalp kurdu tedavisi yan etkileri arasında nöbet, şok, şişme, cilt tahrişi veya kaşıntı, ishal ve kusma sayılabilir. Köpeklerin kalp kurdu tedavisinden kaynaklanan yan etkileri görmeleri nadirdir.
Heartworm tedavisinin yan etkilerini deneyimlemenin yanı sıra, bazı köpekler de heartworm ilacındaki bileşenlere alerjik reaksiyonlar yaşayabilir. Alerjik reaksiyon yaşayan bir köpek, özellikle yüz bölgesinde, nöbet, şok, kurdeşen, kaşıntı ve şişme gibi semptomlar gösterebilir. Ciddi bir kalp kurdu istilasına sahip olan köpekler tedaviye ters reaksiyonlardan daha duyarlı olabilir.
Bazı köpek ırkları, birçok kalp kurdu tedavisindeki, ivermektin ve milbemisin'deki aktif bileşenlere özellikle duyarlıdır. Birçok koli, kırbaç, Avustralya çoban köpeği ve çoban köpeği, kalp kurdu ilaçlarını beyinlerinden temizleyememelerini sağlayan genetik bir mutasyona sahiptir. Bu anormallik, bu köpeklerin nöbetten muzdarip olmalarını veya hatta bir kalp kurdu tedavisinin bir sonucu olarak ölme ihtimalini artırabilir.
Heartworm, birçok alanda endemik olarak kabul edilen ciddi bir hastalıktır. Veteriner hekimlerin çoğu, kalp kurdu önleyici tedavinin yararlarının, yan etki risklerinden ağır bastığını düşünmektedir.
