Bakteriler, ölü maddeleri parçalayarak ve besin maddelerini kullanılabilir formlara dönüştürerek ekosistemlerin sağlığını korumaya yardımcı olur. Bakteriler tüm ortamlarda yaşar ve Dünyadaki oksijenin çoğunu sağlar.
Bakteriler, topraktaki organik maddeleri parçalayan ayrıştırıcılardır. Örneğin, bakteriler, düşmüş ağaçlar gibi ölü maddelerin ekosistemdeki canlı organizmalar için kullanılabilir besinlere ayrışmasına yardımcı olur. Ölü maddelerin ayrışmasının sonucu, çeşitli ekosistemleri destekleyebilen daha zengin topraklara neden olur.
Bakteriler, besin maddelerini kullanılabilir formlara dönüştürmek için azot ve karbon içeren besin maddelerini çevrir. Örneğin, bakteriler karbonu, fotosentez için gerekli olan, bitkilerin ışıktan enerji üretmelerine izin veren süreç olan karbon dioksite dönüştürür. Bakteriler olmadan, birincil üreticiler hayatta kalmak için dururlar. Oksijen üretimi, bakteri aktivitesinin doğrudan bir sonucudur. Örneğin, okyanuslarda bulunan bir bakteri olan siyanobakteriler, Dünya üzerinde mevcut olan oksijenin önemli bir miktarını üretir.
Bakteriler azotu, bitkilerin büyümek için kullanabilecekleri azot formları olan nitratlara veya nitritlere dönüştürür. Fasulyeler gibi bazı bitkiler, azot üreten bakterileri kök sistemlerinde uygun büyümeyi sağlamak için depolarlar. Bakteriler aynı zamanda hayvanların içinde yaşarlar ve bu hayvanlar tarafından yiyecekleri kullanılabilir besinlere ayırmak için kullanılırlar. Örneğin, inekler ve zürafalar, bitki maddesini parçalamak için midede bakteri kullanır, böylece yiyecekler daha kolay sindirilir ve hayvanların hayatta kalmaları için düşük kaliteli yiyecekler yemelerine izin verilir.
