Timsah kertenkeleleri sadece etçildir ve cırcır böceklerinden ve salyangozlardan kurbağa kurbağa yavrularına, kuş yumurtaları ve hatta diğer kertenkeleler ile genç timsah kertenkelelerine kadar her şeyi kapsayan çok çeşitli hayvanlarda avlanır. Güçlü çenelerine saldıran ve hem gözlerini hem de keskin kimyasal duygularını, vurmadan ve yutmadan önce avını takip etmek ve incelemek için kullanan, doymaz avcılar.
Timsah kertenkeleleri genellikle batılı ciltlerde ve yaşam alanlarını paylaştığı diğer küçük sürüngenlerde avlanır. Ayrıca, yamyamlar olarak bilinir ve çocuk ve yeni yumurtadan çıkmış timsah kertenkelelerini, bazen kendi gençlerini bile kullanma alışkanlığı kazanırlar. Ayrıca, bazı araştırmacılar tarafından kuş yumurtaları aramak ve tüketmek için düşünülmektedir.
Böcekler ve eklembacaklılar, timsah kertenkelesinin diyetinin büyük bir bölümünü oluşturur. Örümcekler ve akrepler düzenli olarak avlanırken, cırcır böcekleri, salyangozlar, ekim böcekleri ve kırkayaklar gibi daha az tehlikeli böcekler güçlü kertenkele için ortak yemdir. Larva ve olgunlaşmamış böcek perileri de uygun bir av olarak kabul edilir.
Timsah kertenkeleleri derilerini düzenli olarak döker ve saldırıya uğrarsa veya korkarsa kuyruklarını da döker. Bir kuyruğun dökülmesi, kertenkelenin bir avcı veya rakipten kaçmasına izin verebilirken, kertenkele, yeniden üretim sürecinde vücuduna ciddi bir şekilde vergi uyguladığı için yeniden uzar.
