ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi'ne göre, Klonopin beyindeki elektriksel tepkileri kaygıyı hafifletmek ve nöbetleri azaltmak için yavaşlatıyor. Stimülasyondaki bu azalma, diğer etkilerin yanı sıra sakinleştirici bir etki oluşturur.
RxList'e göre, bazı hastalar Klonopin'i alırken uykulu veya koordinasyonsuz hale gelir. Diğer hastalar sersemlemiş hissederler ve ayakta dururken ya da yürürken sorun yaşarlar. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi'ne göre, bazı insanlar kısa süreli hafıza problemleri ve görsel konularla da karşılaşmaktadır. Daha ciddi yan etkiler arasında yüzün şiştiği ve kişinin nefes almakta zorlandığı alerjik bir reaksiyon vardır. Ciddi yan etkiler ortaya çıkarsa, hastalar acil tıbbi yardım almalıdır.