Kireçtaşının kendisi çevreyi etkilemese de, kireçtaşı madenciliği olumsuz bir etkiye neden olabilir. Diğer yandan, çevre kireçtaşını parçalayarak etkileyebilir.
Kireçtaşı madenciliği suyu kirletebilir ve lavabolar yaratabilir. Kireçtaşı hala yerdeyken eridiğinde, karst olarak bilinen doğal bir fenomen olan mağaralar ve gulitler oluşur. Bu, çevreye doğal haliyle zarar vermese de, kireçtaşı bir kez çıkarıldığında, çukurlar yer altı su yollarını oluşturabilir ve bozabilir. Bu, doğal su tablasını değiştirir. Asıl madencilik süreci, mevcut su yollarını da değiştirerek, akarsulara ve sadece su alanını çevreleyen diğer su kütlelerine ilave su ekleyerek, aynı zamanda kirletici maddeler de ekler. Aynı zamanda, göl ve göletler gibi diğer özelliklerden su çekiyor.
Kireçtaşı, çevre tarafından hava ve su erozyonu nedeniyle zarar görebilir. Taş zaman içinde bozulmasına neden olabilecek suyu emer. Suyun yüksek asit içeriğine sahip olması durumunda, hasar daha acildir. Rüzgar taş ayrıntılarını aşındırabilir. Kireçtaşı ayrıca yağa, boyalara ve hatta kuş birikintileri veya ayrıştırıcı bitki maddesi gibi organik maddelere maruz bırakılarak renk bozulmasına da meyillidir. Oksitleyici demire maruz kalırsa pas lekeleri bile alabilir.
