Kalsit, mağaralarda sarkıt ve dikitler olarak oluşur ve ayrıca kaplıcalardaki mineral yataklarında da bulunur. Bivalfler ve ekinodermler gibi deniz organizmalarının kabuklarını oluşturur.
Kalsit, öncelikle ölü deniz organizmalarının kabuklarından oluşan kireçtaşı olan tortul kayaçlarda bulunur.
Kireçtaşı mağaralarında, yağmur suyu kayaların üzerinden geçer ve karbon dioksit ve diğer mineralleri kireçtaşından alır. Bu kombinasyon, suda çözünmüş kalsit versiyonu olan kalsiyum bikarbonatı oluşturur. Su tavandan damlıyor ve zamanla sarkıt olan kalsitin arkasında kalıyor. Damlataş, mağara tabanına su damlattığında ve su zamanla yükselen bir yığın halinde kalsit biriktirdiğinde sarkıt oluşur.
Kalsit istiridye, mercan, yengeç ve diğer deniz organizmalarının kabuklarında bulunur. Ayrıca kırmızı alglerin sert kısımlarında, bazı tüp kurtlarında ve bazı süngerlerde bulunur. Volkanik kayalar veya kimberlit, karbonatitler ve peridotitler gibi manto kayaçlarında bulunur.
New Mexico'daki Karlı Nehir Mağarası, zamanla mağaranın duvarlarını çözen mikroorganizmalara ve yer altı suyuna atfedilen beyaz kalsit akışına sahiptir.
Bugüne kadar kaydedilen en büyük kalsit kristalleri İzlanda'da keşfedildi ve yaklaşık 250 ton ağırlığındaydı.
