Istakozlar, kabuk adı verilen bir yapıda bulunan solungaçlardan nefes alırlar. Karasakada iki dal bölmesine ayrılan 20 çift solungaç vardır. Solungaçlar oksijeni doğrudan sudan emen kısa, ince filamentlerden oluşur.
Su, ıstakozun vücuduna, vücudunun altındaki açıklıklardan girer. Su, solungaç balya makinesi ya da kazanı denilen bir yapı ile dal bölmelerinden zorlanır. Normalde ıstakozun kafasına doğru akan su akımı, solungaç ve dal odalarından döküntüleri temizlemek için tersine çevrilebilir. Su akışı aynı zamanda bireyin cinsiyeti, üreme durumu ve erime aşaması hakkında biyokimyasal sinyaller içeren idrarı da taşır.
Istakozun solungaçları Wikipedia'ya göre, solungaçlarda kalsinoz gibi çevresel hastalıklara karşı çok hassastır. Bu, ıstakozu öldürür, çünkü sudan oksijen alımını engeller. 2002'de Long Island Sound'da, ıstakozun doğal yaşam alanı olan okyanus tabanının yakınındaki sıcak su sıcaklıklarından kaynaklandığı düşünülen bir salgın vardı.
