İki bakteri krallığı, Archaebacteria ve Eubacteria'dır. İki krallık, eskiden bir krallık olan Monera olarak sınıflandırıldı, ancak iki bakteri türü, iki ayrı krallıkta yeniden sınıflandırmayı garanti etmek için yeterli çeşitlilik gösterdi.
Hem Arkebakteriler hem de Eubakteriler prokaryot olsalar da, organel denilen zara bağlı yapılara sahip olmadıkları anlamına gelir, iki krallığın her biri ayrı bir alana ait olan aralarında çok fazla fark vardır. Diğer dört krallık, protistler, mantarlar, bitkiler ve hayvanlar, tek bir alana aittir.
Arkebakteriler, sıcak su kaynakları, tuzlu su ve derin deniz delikleri gibi düşmanca ortamlarda yaşayan organizmaları içerir. Eubacteria, insanlara daha aşina olan bakterileri içerir. Siyanobakteriler veya mavi-yeşil algler, Eubacteria'ya aittir. Diğer Eubacteria strep boğaz ve botulizm gibi insan hastalıklarına neden olur.
