Element hidrojeni üç farklı izotopa sahiptir: protium, döteryum ve trityum. Her izotop bir protona, ancak farklı sayıda nötrona sahiptir. Bir protium çekirdeği sıfır nötron, bir döteryum çekirdeği bir nötron ve bir trityum çekirdeği iki nötron içermektedir.
Protium şu ana kadar en yaygın izotoptur ve atmosferdeki tüm hidrojenin yüzde 99'undan fazlası protiumdur. Döteryum ikinci en yaygın olanıdır. Nükleer reaktörlerde döteryum oksidin bir parçası olarak kullanılır. Trityum, hidrojenin tek radyoaktif izotopudur ve hidrojen bombasının bir parçası olmasının yanı sıra nükleer reaktörler tarafından üretilir.
