Herbivorlar, yedikleri bitkilerde nitrat içeren proteinlerden nitrojen elde eder. Bitkiler veya hayvanlar atmosferik nitrojen içinde alamaz; bunun yerine, nitrojeni bitkilerin emebileceği bir forma dönüştürmek için bakterilere güvenirler.
Azot döngüsünde, bakteriler amonyağı nitratlara dönüştürür. Bu işleme azot fiksasyonu denir ve bitkilerin yaşamları için ihtiyaç duydukları azotu emmelerini sağlar. Azotu sabitleyen bakteriler bitki köklerinde ve çevresinde yaşayan simbiyotlardır; gerektiğinde bitkilerden besinleri emebilirler ve bitkiler kullanılabilir nitratları alırlar.
Bitkiler nitratları protein oluşturmak için kullanır. Herbivorlar, bu bitkileri yiyerek ihtiyaç duydukları nitrojeni elde eder; etoburlar azotlarını otçulları yiyerek elde eder. Bir hayvan öldüğünde, doğal ayrışma sürecinin bir parçası olarak amonyak oluşur. Azot sabitleyici bakteriler bu amonyağı nitratlara böler ve tekrar döngüye başlar.
Atmosferik azot, azot döngüsüne iki şekilde sokulabilir. Birincisi, bazı azot-sabitleyici bakteri türleri yoluyladır; bu mikroplar, atmosferik azotu doğrudan nitratlara dönüştürme kabiliyetine sahiptir. İkincisi, azot bileşiklerinin toprakta yağmayla birikmesidir. Elektrik fırtınası sırasında yıldırım azot ve su arasında kimyasal bir reaksiyona neden olabilir. Bu reaksiyon, yağmur suyuyla birlikte toprakta biriken nitratları üretir.
