Mercan resiflerinde yaşayan omnivorlar arasında balıklar, yengeçler ve diğer kabuklular bulunur. Mercan balıkları yosun ve hayvanlarla beslenir, oysa yengeçler yosun, bakteri, mantar, yumuşakça ve solucan tüketir. Yengeçlerin diyeti ayrıca detritus ve diğer kabukluları da içerir.
Mercan polipleri adı verilen hayvanlar, mercan resif ekosistemlerine hâkimdir ve mercan resiflerinin yapısal tabanını oluşturur. Omurgalılar veya omurgaları olan hayvanlar ve omurgasızlar veya omurgaları olmayan hayvanlar, mercan resifleri üzerinde yaşayan iki ana hayvan grubudur.
Daha büyük mercan resif kabukluları arasında yengeçler, ıstakozlar ve karidesler bulunurken, daha küçük olanlar kopepodlar, stomatopodlar ve amphipodlar içerir. Kabuklular, dıştan eklemli bir iskelet ve av üzerinde hareket etmelerini ve beslenmelerini sağlayan eşleştirilmiş eklentilerle karakterize edilir. Bazı kabuklular omnivorlardır, ancak diğerleri aktif avcı veya temizleyicilerdir.
Resiflerde yaşayan yengeçler, genellikle gündüz resif yapısının içinde kalır. Bazı resif yengeçleri sert mercan kolonilerini temizleyerek mercan resif sağlığına katkıda bulunur. İstilacı parazitler gibi zararlı organizmalardan ev sahiplerinin vücudundan kurtulurlar.
Mercan resif balıkları, çeşitli kabukluları avlar. Yaklaşık 1.000 kaya balığı türü, karides ve solucanlar dahil olmak üzere dibinde yaşayan küçük hayvanları yutar. Kızböcekleri mercanların üzerinde asılı zooplankton tüketir. Papağan balıkları ve cerrah balıkları resiflerdeki algleri besler, böylece yüzeyleri temizler ve çeşitli kolonize eden hayvanların resiflerde yaşamasını sağlar.
