pH değeri 1.0 ve daha düşük olan asit yağmuru, çimlenme sürecini geciktirerek tohum çimlenmesini etkiler. Bazı tohumlar asit yağmuru etkisine diğerlerinden daha dayanıklıdır.
Asit yağmuru, bitkinin her aşaması boyunca bitkilere zararlıdır. Çimlenme oranı, çimlenme hızı, kök uzunluğu ve diğer birçok büyüme önlemi asit yağmurundan olumsuz yönde etkilenir. Asit yağmuru, topraktaki ve çevresindeki atmosferdeki toksinlerin miktarını arttırır. Asit yağmuru ile toprakta serbest kurşun, alüminyum, bakır ve diğer toksik metaller daha yaygındır. Asit yağmuru ayrıca organik maddeyi parçalayan mikroorganizma popülasyonunu etkileyen toprağın pH dengesini de düşürür. Bu işlem, besin maddelerinin toprağa salınması için gerekli olduğu için bitkinin büyümesi için daha az besin maddesi gerektirir. Ek olarak, asit yağmuru yapraklar üzerindeki koruyucu mumlu kaplamaya zarar verir. Koruyucu kaplama hasar gördüğünde, değerli nem kaybolur. Asit, bitkideki suyun bir kısmını alır ve bitkinin verimli bir şekilde fotosentez yapma yeteneğine zarar verir. Asit yağmuru nedeniyle bitkinin yaprakları üzerindeki balmumu kaplamanın zarar görmesi, bir bitkinin soğuk havalara karşı daha duyarlı olmasını sağlar.
