Bazen, rakunlar ve büyük boynuzlu baykuşlar yuvadaki kel kartallar için tehdit oluşturur. Ancak, büyük boyutları ve yırtıcılık için güçlü kapasiteleri nedeniyle, kel kartallar hiçbir tür için normal av değildir.
Vahşi doğada nadiren avlanmalarına rağmen, kel kartallar tarihsel olarak insan faaliyetleri tarafından tehdit edilmiştir. Örneğin, kartallar, besin zincirlerinin tepesindeler, bu nedenle ortamdaki toksik kimyasallara karşı çok hassastırlar; Bir gıda zincirinin her aşaması, av türlerinde toksinleri yoğunlaştırma eğilimindedir. 1940'lı yıllarda başlayan ABD'de yaygın olarak kullanılan zehirli bir böcek ilacı olan diklorodifeniltrikloroetan, neredeyse kel kartalın neslinin tükenmesine neden oldu. 1963 yılında, kel kartal popülasyonu 487 yuva çiftine düşürüldü. Neyse ki, 1972’de ABD’de DDT yasaklandı ve 2007’de bitişik ABD’de tahmini 9.789 iç içe geçmiş çift vardı.
