Sert kabukları ve kalın kabukları nedeniyle, yetişkin çöl kaplumbağaları sadece dağ aslanları tarafından avlanır. Genç çöl kaplumbağaları çok daha savunmasızdır ve ayrıca kit tilkiler, çakallar, yaban köpekleri, gri tilkiler, bobcats, porsuklar, kuzgunlar, roadrunners ve Gila canavarları tarafından yenir.
Dişi çöl kaplumbağaları savunmasız yumurtalarını bir süre korur, ancak yumurtadan çıktıktan sonra, genç kaplumbağaların hayatta kalmak için kriptik renklerine güvenmeleri gerekir. Çöl kaplumbağası, yiyecek ya da eş aramayacakları ve usta kazıcılar oldukları zaman yuvalara sığınırlar. Son çare olarak, her yaştan çöl kaplumbağaları kendilerini potansiyel avcılara karşı daha az lezzetli hale getirmek için idrar yapar.
