Genetik mühendisliğinin dezavantajlarından bazıları sağlık riskleri, çevresel etkiler, tarım ve sanayi üzerindeki etkiler ve mühendisliğe bağlı olarak ortaya çıkabilecek etik konulardır. Dezavantajları, meydana gelen genetik mühendisliğin türüne göre değişir. Tarımsal genetik mühendisliğinin sağlığı etkilemesi ve hayvan mühendisliğinin çevreyi etkilemesi daha olasıdır.
Genetik mühendisliğinin temel dezavantajı, sağlığa verdiği risktir. Bazı detektörler, genetiği değiştirilmiş mahsullerin doğal olarak güvensiz olduklarını iddia eder, ancak sağlık üzerindeki etkilerle ilgili verilerin çoğu genetik mühendisliği endüstrisi tarafından kontrol edildiğinden bu gerçekten doğrulanamaz. Bilim adamlarının bildiği şey sağlık tehlikelerinin mevcut olduğu. 1996'da Brezilya'da ve 1990'da Amerika'da alerjik reaksiyonlara, hastalıkların geçmesine ve hatta ölüme neden olan tasarlanmış gıda maddeleri vakaları vardı.
Genetik mühendisliğinin diğer bir dezavantajı, çevreye sebep olduğu problemlerdir. Tasarlanmış ürünler, gıdaların hayatta kalmasını gerektiren vahşi yaşam için toksik hale gelebilir ve mühendislik, böcek ilaçlarına dirençli yabancı ot türlerini de yarattı. Bu yeni "süper yabani otlar" bitkileri boğabilir ve tarımı ve habitatları tahrip edebilir.
Bazı etik konular genetik mühendisliği tarafından gündeme getirilir. Bilim adamları, politikacılar ve bilim insanları, insanları, hayvanları ve bitkileri iyileştirmek için mühendislik kullanımını tartışmışlardır. Greenpeace gibi kuruluşlar, Greenpeace'in web sitesine göre, genetik mühendisliğinin kullanımına şiddetle karşı çıkıyor ve diğerleri, genetik mühendisliğinin daha sağlıklı ve daha zengin gıda, daha sağlıklı insanlar ve hayvanlar yapmanın anahtarı olduğunu düşünüyor.
