Organizmaların sınıflandırılması bilimi olan taksonomi filogeniye dayanmaktadır. Filoloji, bir türün evrimsel tarihini oluşturmaya çalışır ve taksonomi organizmaları bu tarihe göre sınıflandırır.
Filogeninin çalışmasının anahtarı, farklı modern tür türlerinin ortak bir atadan geldiğinin teorisidir. Bu tür kayıtlar, fosil kayıtlarından elde edilen kanıtlar, DNA testi ve paleontoloji, karşılaştırmalı anatomi, karşılaştırmalı embriyoloji ve moleküler genetik alanlarından araştırmalarla desteklenen ilişki hipotezi ile belirlenir. Sonuçlar, standart aile ağaçlarına benzeyen ve bilimsel "yaşam ağacı" nın temelini oluşturan çizelgelerde düzenlenmiştir. Taksonomi, organizmaları bu ağaç içindeki yerlerine göre sınıflandırır ve adlandırır.
Erken taksonomik sınıflandırma formları organizmaları yalnızca paylaşılan fiziksel özelliklere dayandırır ve gerçek bir bilimsel temele sahip değildir. Bazı modern hipotezler aynı şekilde ortaya çıkmasına rağmen, bu benzerliklerin bir organizmanın çevresine adaptasyonuna mı dayandığını veya ortak bir atadan devralmanın sonucu olup olmadığını belirlemek için bu fikirler test edilir.
Soyluluğa bakılmaksızın, ortak fiziksel özelliklere dayanan en eski taksonomik formlar modern tasniflere dönüşmüştür. Bu bilim aynı zamanda evrimsel ilişkileri de üstlenir, ancak iki ilişkili türün paylaştığı özelliklerin, türlerin kaynaklandığı organizmada zorunlu olarak var olduğunu varsaymaz.
