Enzimler altı türe ayrılır: oksidoredüktazlar, transferazlar, hidrolazlar, liyazlar, izomerazlar ve ligazlar. Enzim sınıflandırması, enzimin katalize ettiği kimyasal reaksiyona dayanmaktadır.
Oksidoredüktazlar olarak sınıflandırılan enzimler oksidasyon ve indirgeme reaksiyonları gerçekleştirir, burada bir substrat okside olur ve diğeri azalır. Transferazlar fonksiyonel grupları bir molekülden diğerine taşır. Hidrolazlar, bir su molekülü ekleyerek atomlar arasındaki tek bağları kırarlar. Liyazlar, bir molekül içinde bir çift bağ oluşturmak veya kaldırmak için amino gruplarını, suyu veya amonyak transfer eder. İzomerazlar fonksiyonel grupların pozisyonunu değiştirir, böylece substrat ve ürün birbirlerinin izomerleri olur, yani aynı sayıda atom içerirler. Son olarak, ligazlar, tek bağlar oluşturmak için bir su molekülünün uzaklaştırılması yoluyla kimyasal reaksiyonları katalize eder.
