Beyaz meşe, höyük ve ceviz ağaçlarının hepsinde derin kök sistemi vardır. Derin kökler nem ve besin maddelerine ulaşmak ve ağaçların daha büyük boyutta büyümelerini sağlayan yapısal stabilite sağlamak için daha uygundur. Derin kök sistemler yakındaki yapıların temellerine, sıhhi tesisatlarına ve bodrumlarına zarar verebilir.
Taprootlar olarak bilinen en derin kökler çimlenen tohumlardan ortaya çıkar ve ağaç olgunlaştıkça büyümeye devam eder. Kalp kökleri, çok sayıda ikincil köklere bağlanan çoklu birincil köklerden oluşur. Kalp kökleri gövdenin tabanında görülebilir ve kırmızı meşe, çınar ve bigtooth akçaağaç ağaçlarının ortak bir özelliğidir. Özellikle derin köklü olmayan ağaçlar bile, kök sistemlerinin agresif bir şekilde büyümesi nedeniyle hizmetlere ve yapılara zarar verebilir.
Ağaçlar ve diğer vasküler bitkiler, tipik olarak toprağın altında bulunan kök sistemlerine sahiptir, ancak bazı ağaçlar hava veya havalandırma köklerine sahip olabilir. Kökler ağaçlara nem ve besin sağlar, aynı zamanda onları yerlerine sabitler. Hatta bazı ağaçlar yiyecek ve besin depolamak için köklerini kullanır. Bir kök sistemi çok yıllık primer köklerden ve yaprak kanopinin genişlemesine karşılık olarak dalgalar halinde büyüyen sekonder köklerden oluşur.
Erig Mağaraları, Ohrigstad, Transvaal, Güney Afrika yakınlarındaki yabani incir ağacı, bugüne dek kaydedilen en derin olan 393.7 fitlik bir kök derinliğine sahiptir.
