Bir elektron mikroskobu bir ışık mikroskobundan daha yüksek bir çözünürlüğe sahiptir, bu da numunenin daha ayrıntılı bir şekilde görüntülenmesini sağlar. Bir elektron mikroskobu bir numuneyi 2 milyon kata kadar büyütebilse de, bir ışık mikroskop canlı hücreleri izlerken avantajlıdır.
Elektron mikroskobu, büyütmeyi sağlamak için ışık yerine elektron ışını kullanır. Bunu yapmak için elektronlar numunenin ince bir parçasından geçer. Bir elektron ışınının dalga boyları ışıktan çok daha küçüktür ve daha iyi çözünürlük sağlar. Bu kadar keskin çözünürlük seviyelerine ulaşabilmesi nedeniyle, bir numunenin şeklini görmek mümkündür. Sonlu detaylar birçok durumda yararlı olmasına rağmen, bir elektron mikroskobu altında görüntülenen numunenin hazırlanma sırasında sabitlenmesi gerekir, böylece yapının bozulmaması, yani numunenin canlı kalmayacağı ve sadece görsel özelliklerini gözlemleyebileceği anlamına gelir.
Işık mikroskobu kırınım temelinde çalışır. Büyütme elde etmek için, ışık optik merceklerden geçmeden önce bir numuneden geçer veya yansıtır. Bazı durumlarda canlı hücreler ve bunların yiyecek alımı ve hücre bölünmesi gibi biyolojik işlevleri görülebilir. İzleyiciler ayrıca proteinleri izleyebilir ve hücre hareketini gözlemleyebilir.
